30.04.2016 г. - по сей день.
    Уже месяц звонят декларанты и сообщают, что на портале показывает в правом нижнем углу под графой 31 условное обозначение дополнительной единицы измерения и что таможенный инспектор считает это ошибкой.
Программа не передает и никогда не передавала в электронную копию условное обозначение дополнительной единицы измерения!!! Вы можете сами убедиться в этом - просто занесите в графу любую фразу, например "XYZ" и залейте на портал. Вы увидите, что будет показывать не "XYZ", а условное обозначение дополнительной единицы измерения!
Это "особенность" портала. По этому вопросу обращайтесь к руководству ГТК. Если они не успели доработать портал, то на мой взгляд должны были бы разослать информационный бюллетень на места своим инспекторам, чтобы они в курсе были и не требовали с вас, чтобы вы её убрали! Вы не сможете её убрать поскольку её там просто нет (она автоматически формируется порталом по содержимому графы 41, так как это требовалось по старой инструкции)! Инспектор тоже не сможет её убрать! Это должны сделать разработчики портала!

29.04.2016 г.
1.     Программа доработана так, чтобы в детализации графы 44 на портале виделись трехзначные номера строк (ЦКД). Поэтому вводить можно обычным порядком там где номера строк вводите номера строк, там где ЦКД вводите ЦКД.

28.04.2016 г.
1.     Обратите внимание, что в АСОД попадают пока только первые поля граф 2 и 8 (т.е. импортер и экспортер). Проконтроллируйте на портале, чтобы вы по недосмотру не загнали туда вместо ОКПО импортера ОКПО грузополучателя!
2.     Замечено, что если в детализации графы 44 вместо номеров строк указывать ЦКД, то ЦКД попадает на портал в поля номеров строк. Не знаем допустимо ли так делать, поскольку опубликованный формат электронной копии описывает необходимость двух полей - и номера строки и ЦКД. Возможно, что в дальнейшем номера строк займет ЦКД, тем более, что он как раз включает в себя номера строк. Т.е. если это допустимо, то не надо на портале вбивать ЦКД.

27.04.2016 г.
1. В графе 44 нужно типы документов указывать по старому иначе не сливается.
2. Не ставьте в графе 1 признак "ЭД". С ним не проходит.
3. В гр.44 детализации столбец "ЦКД" не указывайте! С ним не проходит или же не будет присоединяться опись!
4. Условия поставки указывайте на латиннице.
5. Третья часть графы 37 должна содержать три символа.
6. Вместо платежного поручения указывайте банковскую гарантию с номером платежного поручения.
7. С графой 24 (код условий поставки экспорт) эксперементируйте.
Старые значения убрали, новые не принимаются.
8. В графе 44 экспортную ГТД указывайте по старому.
9. В графе 20 (условия поставки) часть третью указывайте, например так: Ташкент (UZ).
10.В некоторых случаях, если портал выдает "неверный формат ГТД" помогает дублирование этой декларации и повторная заливка на портал.

Судя по всему, пока почти все надо/можно вводить по старому.
Сливается стабильнее всего на старых версиях с корректировкой некоторых граф на портале. Некоторые вроде как сливают и на новых версиях.
Поэтому думаю, что можно обновиться на новую версию и работать на ней при сохранении копий старых. Если, что используйте импорт/экспорт для переброски деклараций из одной версии в другую.